ちらほらネット上に古い記事が散見されますが。。。
MySQLの監視機能は、「mysql_」プラグインへ集約されているようです。

監視できる項目は引数に「suggest」を与えることで確認できます。
[text]
Missing dependency Cache::Cache at /usr/share/munin/plugins/mysql_ line 703.
[/text]
のように実行できない場合は、足らないperlモジュールを入れましょう。

[text]
# /usr/share/munin/plugins/mysql_ suggest
bin_relay_log
commands
connections
files_tables
innodb_bpool
innodb_bpool_act
innodb_insert_buf
innodb_io
innodb_io_pend
innodb_log
innodb_rows
innodb_semaphores
innodb_tnx
myisam_indexes
network_traffic
qcache
qcache_mem
replication
select_types
slow
sorts
table_locks
tmp_tables
[/text]

有効にしたい機能をリンクします。
[text]
# ln -s /usr/share/munin/plugins/mysql_ mysql_innodb_bpool
[/text]

設定ファイルを編集します。
[text]
# vi /etc/munin/plugin-conf.d/munin-node
[/text]

以前と書き方も異なるようですね。
パラメータは個々の環境に合わせて、以下のように設定します。
[text]
[mysql_*]
env.mysqlconnection DBI:mysql:mysql;host=127.0.0.1;port=3306
env.mysqluser root
env.mysqlpassword geheim
[/text]