WordPressには便利なプラグインがたくさんありますが、
プラグインによってはテーマを変更しないと動かないものがあります。

header.php内に、
[php]
<?php wp_head(); ?>
[/php]

footer.php内に、
[php]
<?php wp_footer(); ?>
[/php]

これらの関数をそれぞれ記述します。

これらの部分にプラグインが使用するcssやJavascriptが入るようです。
プラグインがうまく動かない場合は、この部分をチェックしてみましょう。