X-CTUのアップデートを手動でやってみます。
今回は、XBee Series2のファームをDLしてみます。

F/WはDigiのサイトからDLします。
http://www.digi.com/

F/WのDLページへは　Home > Support > Firmware Updates　 とパンくずを辿れば到達できます。

「XBee / XBee-PRO ZB (S2) Modules」用のF/WはこちらからDLできます。
http://www.digi.com/support/productdetl.jsp?pid=3430&osvid=0&s=365&tp=2

＃2011/11/10現在、以下のF/Wが最新です。
XBee / XBee-PRO ZB firmware ver. 2xA0
82001817_F.zip

ファイルをDLしたら、X-CTUを起動し、「Modem Configuration」タブを開きます。
「Download new versions…」ボタンをクリックします。

「File…」ボタンをクリックします。

先ほどDLしたファイルを選択し、「開く」ボタンをクリックします。
＃ここでは「82001817_F.zip」を選択

アップデート処理が行われ、結果が表示されます。
「OK」をクリックします。

これでアップデート完了です。

当方はS2を所持していますので、S2で説明をしましたが、
S1や他のモジュールをお持ちの方はそれぞれのF/WをDLすれば、上記手順でアップデートできます。